У 1899—1904 гг. займаў пасаду ваеннага міністра ЗША пры прэзідэнтах Мак-Кінлі і Рузвельта. На пасадзе міністра абароны заснаваў Ваенны каледж, пашырыў Ваенную акадэмію ў Вэст-Пойнце і ўзмацніў федэральны кантроль над Нацыянальнай гвардыяй.
У 1905 годзе, пасля смерці Джона Хэя, прэзідэнт Рузвельт прызначыў Рута дзяржаўным сакратаром. На пасадзе дзяржаўнага сакратара рэфармаваў консульскую службу, падтрымліваў палітыку адчыненых дзвярэй на Далёкім Усходзе. У 1906 годзе наведаў 3-ю Панамерыканскую канферэнцыю ў Рыа-дэ-Жанэйра, пераконваў урады лацінаамерыканскіх краін удзельнічаць у Гаагскай мірнай канферэнцыі. У 1907 годзе арганізаваў цэнтральнаамерыканскую мірную канферэнцыю ў Вашынгтоне. У 1908 годзе заключыў пагадненне Рута-Такахіры з Японіяй.