Πριν την δημιουργία μόνιμης δεύτερης εθνικής κατηγορίας διεξαγόταν το Πανεπαρχιακό Πρωτάθλημα, που είχε ως σκοπό να συμπληρώνει τις ομάδες της Α΄ Εθνικής Κατηγορίας μετά από τον υποβιβασμό των αντίστοιχων ομάδων.
Η Β΄ Εθνική Κατηγορία ξεκίνησε ως εθνική κατηγορία την αγωνιστική περίοδο 1973-74, δέκα χρόνια μετά την ίδρυση της Α΄ Εθνικής Κατηγορίας. Μέχρι την περίοδο 1983-84 διεξαγόταν σε δύο ομίλους (Νότιο και Βόρειο) και οι πρωταθλήτριες ομάδες των δύο ομίλων εξασφάλιζαν την άνοδό τους στην Α΄ Εθνική Κατηγορία.
Την περίοδο 1984-85 διεξήχθησαν τέσσερις όμιλοι (δύο στο Νότο και δύο στο Βορρά). Στη συνέχεια οι νικήτριες ομάδες των δύο ομίλων του Νότου έδωσαν αγώνες μπαράζ μεταξύ τους. Αντιστοίχως οι δύο του Βορρά έπαιξαν επίσης μεταξύ τους. Έτσι προέκυψαν οι δύο ομάδες (μία από το νότο και μία από το βορρά) που κέρδισαν την άνοδό τους στην Α΄ Εθνική Κατηγορία.
Την περίοδο 1985-86 η Β΄ Εθνική διεξήχθη με το ίδιο σύστημα. Όμως, στην Α΄ Εθνική Κατηγορία ανέβηκε μόνο μία ομάδα, η οποία προέκυψε έπειτα από αγώνες μπαράζ, αρχικά μεταξύ των πρωταθλητών των τεσσάρων ομίλων της Β΄ και στη συνέχεια με τις ομάδες που τερμάτισαν σε χαμηλές θέσεις στην Α΄ Εθνική. Παράλληλα έγινε μείωση των ομάδων της Α΄ Εθνικής λόγω της δημιουργίας της Α1 Εθνικής Κατηγορίας.
Από την περίοδο 1986-87, οπότε έγινε αναδιάρθρωση των κατηγοριών και δημιουργήθηκε η Α2 Εθνική Κατηγορία, η Β΄ Εθνική έγινε η τρίτη σε τάξη κατηγορία του ελληνικού μπάσκετ. Από τότε διεξάγεται σε έναν όμιλο 14 ομάδων, από τον οποίο κερδίζουν την άνοδο στην Α2 οι πρώτες ομάδες της κατάταξης. Αρχικά ανέβαινε μόνο ο πρωταθλητής, στη συνέχεια ανέβαιναν οι δύο πρώτες ομάδες, αργότερα οι τρεις πρώτες και από το 1992-93 καθιερώθηκε να ανέρχονται μόνον οι δύο. Οι τελευταίες ομάδες υποβιβάζονται στη Γ΄ Εθνική. Αρχικά, είχε οριστεί να πέφτουν δύο ομάδες, αλλά στη συνέχεια έγιναν τέσσερις. Τα τελευταία χρόνια, οι ομάδες της κατηγορίας αυξήθηκαν σε 16.
Από την σεζόν 2012-13 η Β΄ Εθνική πραγματοποιείται ξανά σε 2 ομίλους χωρισμένους με γεωγραφικά κριτήρια. Η σεζόν 2019-20 διακόπηκε πρόωρα εξαιτίας της πανδημίας του Covid-19 με την ανακήρυξη των πρωταθλητών και των ομάδων που ανέβηκαν. Το καλοκαίρι του 2020 αποφασίστηκε η αναδιάρθρωση των κατηγοριών εξαιτίας αυτού του γεγονότος. Η Β΄ Εθνική της σεζόν 2020-21 πραγματοποιήθηκε σε 4 ομίλους.[1]