Hän syrjäytti vuonna 1965 maan itsenäisyysliikettä johtaneen Ahmed Ben Bellan ja asetti maan johtoon vallankumousneuvoston. Boumédienne oli vallankumousneuvoston puheenjohtaja ajanjaksolla 19. kesäkuuta 1965 – 12. joulukuuta 1976. Presidentin tehtävän hän sai, kun maa sai uuden kansalliskokouksen vuonna 1976. Kansalliskokouksen vaalissa ainoa sallittu puolue oli Ben Bellan perustama FLN. [2]