Diplomatiniai santykiai užmegzti 1992 m. liepos 9 d.
Lietuvai atstovauja nepaprastasis ir įgaliotasis ambasadorius, reziduojantis Romoje. Maltos ordinui atstovauja nepaprastasis ir įgaliotasis ambasadorius, Vilniuje atidaryta Suverenaus Maltos Ordino ambasada Vilniuje.
2017 m. Vilniuje pasirašytas Lietuvos Respublikos ir Suverenaus karinio hospitaljerų šv. Jono Jeruzalės, Rodo ir Maltos ordino bendradarbiavimo susitarimas.[1]
Lietuvos santykių su Maltos ordinu ištakos siekia XVII amžių. 1642 m. Lenkijos karalius ir Lietuvos didysis kunigaikštis Vladislovas Vaza įsteigė atskirą Maltos ordino prioriją Lenkijos karalystei. Pirmuoju prioru buvo paskirtas Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės taurininkas Zigmantas Karolis Radvila Maltos ordinas susidomėjo šv. Kazimiero kultu, tad 1690 m. jiems iš Vilniaus buvo nusiųsta šv. Kazimiero relikvija. Lenkijoje įsteigtasis Maltos ordinas veikė iki 1817 m.[2]
1991 metais atkūrus Lietuvos Nepriklausomybę Lietuvą pasiekė pirmosios Maltos kryžiumi paženklintos humanitarinės pagalbos siuntos.[3] 1991 m. spalio 10 d. Lietuvoje įkurta Maltos ordino pagalbos tarnyba („Maltiečiai“), veikianti vadovaudamasi Maltos ordino principu: „tikėjimo išsaugojimas ir pagalba vargstantiesiems“. Tarnyba organizuoja socialines valgyklas vargstantiesiems, vykdo projektus „Maistas ant ratų“, „Maltiečių sriuba“, steigia ir išlaiko socialinius vaikų dienos centrus, rūpinasi senelių, našlaičių, socialiai remtinų ir neįgalių vaikų globa, organizuoja pirmosios pagalbos ir slaugos kursus, įtraukia jaunimą į socialinę veiklą.[2] 2007 metais turėjo daugiau kaip 400 savanorių ir daugiau kaip 350 jaunųjų maltiečių (vaikų ir jaunuolių) 22 Lietuvos miestuose ir vietovėse. Vilniuje, Marijampolėje, Kaišiadoryse ir Panevėžyje veikia regioniniai Maltos ordino pagalbos tarnybos biurai, kurių veiklą koordinuoja Maltos ordino pagalbos tarnybos generalinis sekretoriatas Vilniuje. Lietuvos sostinėje taip pat įsikūręs Maltos ordino pagalbos tarnybos mokymo centras, Socialinis vaikų dienos centras, slaugos tarnyba, jaunųjų maltiečių centras. Vilniuje, Kaišiadoryse, Žiežmariuose, Švenčionėliuose ir Zarasuose veikia senjorų klubai. 2020 m. duomenimis, Maltos ordinas Lietuvoje globoja apie 2600 senelių 42 Lietuvos vietovėse, turi 16 socialinių vaikų dienos centrų, globoja apie 1280 vaikų, teikia pagalbą neįgaliesiems.[2]