Ankersen komt uit de jeugdopleiding van Esbjerg fB, maar nadat hij daar niet door had weten te breken, verkaste hij naar Vejle BK. Bij die club speelde hij twee jaar en in maart 2012 werd hij verkocht aan Rosenborg BK. Bij de Noorse club was de rechtsback basisspeler, maar hij koos er toch voor om na een half jaar terug te keren naar Esbjerg, waar hij voor vier jaar tekende. In 2013 won Ankersen, met zijn broer Jakob, de Deense beker. In januari 2014 werd de vleugelverdediger aangetrokken door Red Bull Salzburg, per juli van dat jaar.[1] Na anderhalf jaar keerde hij tijdelijk terug naar Denemarken, daar FC Kopenhagen hem op huurbasis overnam van de Oostenrijkse club.[2] Op huurbasis speelde Ankersen dertig competitiewedstrijden bij Kopenhagen. De club besloot hem hierop voor circa anderhalf miljoen euro definitief over te nemen. Hij tekende een contract tot medio 2020.[3] In de zomer van 2019 verkaste Ankersen naar Genoa, om een jaar later weer terug te keren bij FC Kopenhagen.[4] Ankersen verkaste in juli 2024 naar FC Nordsjælland, waar hij voor twee jaar tekende.[5]