Stöger en zijn assistent Frenk Schinkels werden trainer bij Austria Wien op 6 mei 2005. Via nog drie andere Bundesliga-clubs (First Vienna, Grazer AK en Wiener Neustadt) kwam Stöger opnieuw terecht bij Austria Wien in 2012. Op 11 juni 2013 werd Stöger hoofdcoach bij 1. FC Köln in de Duitse2. Bundesliga. Hij volgde Holger Stanislawski op. Met Köln werd hij in het seizoen 2013/14 kampioen en promoveerde dus naar de Bundesliga. Op 10 mei 2015 werd na de met 2–0 gewonnen wedstrijd tegen FC Schalke 04 lijfsbehoud gerealiseerd. In december 2017 werd Stöger vanwege tegenvallende resultaten op straat gezet.[1] Kort daarop werd hij aangesteld als trainer-coach van Borussia Dortmund, dat op 9 december na 163 dagen afscheid had genomen van Peter Bosz vanwege het uitblijven van aansprekende resultaten. De club uit Dortmund bleef de eerste 12 competitiewedstrijden onder Stöger ongeslagen (7 gewonnen, 5 gelijk), voordat ze met 6-0 verloren van rivaal Bayern München. Borussia Dortmund eindigde 4e in de competitie, werd in de achtste finale van de Europa League uitgeschakeld door Red Bull Salzburg en in de DFB-Pokal werden ze door Bayern München verslagen in de derde ronde. Op 12 mei 2018 maakte Stöger bekend dat hij niet langer doorging dan zijn 5 maanden bij de club.[2] In augustus 2020 keerde Stöger terug als trainer bij Austria Wien. Tussen 1 juli en 13 december 2021 was Stöger hoofdtrainer van Ferencváros, de succesvolste club uit Hongarije.