Karierę piłkarską Mirko Conte rozpoczął w Interze Mediolan w 1992. W sezonie 1993-1994 był wypożyczony do drugoligowej Venezii. W barwach nerroazurrich zadebiutował 22 sierpnia1994 w wygranym 3-0 meczu Pucharu Włoch z Lodigiani. W Serie A zadebiutował 4 września1994 w wygranym 2-0 meczu z Torino FC. Ostatni raz w barwach czarno-niebieskich wystąpił 4 czerwca1995 w wygranym 2-1 meczu ligowym z Padovą. W Interze rozegrał 28 spotkań (20 w lidze, 2 w europejskich pucharach i 6 w Pucharze Włoch) oraz strzelił 6 bramek (4 w lidze i 2 w Pucharze Włoch). W latach 1995–1997 był zawodnikiem Piacenzy. Sezon 1997/98 Conte rozpoczął w Piancenzie, potem kontynuował w SSC Napoli, by zakończyć w Vicenzie. W Vicenzie występował do 2000, w tym czasie spadając w 1999 i awansując ponownie do Serie A w 2000. W latach 2000–2004 występował w Sampdorii. Z Sampdorią awansował do Serie A. Sezon 2004/05 rozpoczął w Messinie, by trakcie sezonu przejść do drugoligowego Arezzo. W Messinie pożegnał się z Serie A, w której w latach 1994-2004 Conte rozegrał 131 spotkań, w których zdobył bramkę. Karierę zakończył w występującym w szóstej lidze zespole Città di Castello.