Wybory prezydenckie w 1804 roku po raz pierwszy rządziły się prawem różniącym od poprzednich wyborów. Aby uniknąć doświadczeń z wyborów w 1796 i 1800 roku, Kongres wprowadził XII poprawkę do Konstytucji, która weszła w życie w 1804[1]. Poprawka wprowadza nowy system wyboru prezydenta i wiceprezydenta przez Kolegium Elektorów (m.in. wymusza dwa osobne głosowania)[2]. Działania Jeffersona w pierwszej kadencji prezydenckiej, jak choćby zakup Luizjany, unieważnienie decyzji podjętych przez rządy federalistów spowodowały wzrost jego popularności[3]. Z tego powodu został nominowany przez Partię Demokratyczno-Republikańską do ubiegania się o reelekcję[4]. Kandydatem na wiceprezydenta został gubernator Nowego Jorku George Clinton[1]. Sytuacja w obozie Partii Federalistycznej była znacznie gorsza niż u republikanów – po śmierci ich lidera, Alexandra Hamiltona, który zginął w pojedynku z Aaronem Burrem, stronnictwo wystawiło kandydaturę Charlesa Pinckneya i Rufusa Kinga[4]. Jednak popularność Jeffersona była tak duża, że kampania propagandowa była niepotrzebna[4].
Głosowanie powszechne odbyło się w dniach 2 – 9 listopada 1804 i wzięło w nim udział 143 tys. osób[5]. Jefferson uzyskał ok. 72,8% poparcia, wobec 27,2% Pinckneya[5]. W głosowaniu Kolegium Elektorów (zatwierdzonym 13 lutego 1805[6]) Thomas Jefferson zdobył 162 głosy, przy 89 wymaganych do zwycięstwa[7]. Jego kontrkandydat, Charles Pinckney zdobył 14 głosów. W głosowaniu na wiceprezydenta George Clinton pokonał Rufusa Kinga identycznym stosunkiem głosów[8]. Duet Jefferson-Clinton odniósł znaczne zwycięstwo, pokonując swoich rywali we wszystkich stanach, z wyjątkiem Delaware i Connecticut[3].