Хуан Айра розпочав футбольну кар'єру на батьківщині, виступав за різні клуби з Гавани, в тому числі й за «Хувентуд Астуріана» та «Сентро Галлего». Потім виїхав до Мексики, де виступав за столичний «Реал Еспанья»[3]. У мексиканському клубі відіграв сезон 1944/45 років, допоміг команді виграти національний чемпіонат. Потім повернувся на Кубу, де 1947 року виступав за «Реал Іберія». Того ж року виступав за «Депортіво Еспанья». Футбольну кар'єру завкршив 1948 року у «Фортуні».
З 1934 по 1947 рік захищав кольори національної збірної Куби. Зіграв у 5-и (з 6-и) матчах кубинської збірної в кваліфікації до Чемпіонату світу 1934 року[2]. Через чотири роки був викликаний головним тренером збірної Хосе Тапія для участі в чемпіонаті світу 1938 року у Франції. На французькому мундіалі зіграв один матч, проти Румуунії. Хуан пропустив м'яч від Штефана Добаї, проте партнери по команді зуміли забити два м'ячі у відповідь. Зрештою, кубинці перемогли з рахунком 2:1 та пройшли далі. Проте в 1/4 фіналу збірна Куби програла збірній Швеції та вибула з турніру.
Останні поєдинки у футболці національної збірної зіграв у 1947 році в рамках Чемпіонату північноамериканських націй проти Мексики та США[2].
Куба
Куба
Прімера Дивізіон
Чемпіон (1): 1944/45
