У травні1920 році військовими 42 Полку Піхоти був організований клуб, який отримав назву «„ВКС 42 Полк Піхоти“ Білосток». 27 січня1932 року у результаті об'єднання з клубом «КС Союз Сільської Молоді» змінив назву на «БКС Ягеллонія» (Ягелло — династія польських королів). У 1936 році «Ягеллонія» стала військовим клубом і тому називалася «ВКС Ягеллонія». У 1937 році клуб припинив існування.
Після Другої світової війни27 жовтня1945 року клуб відновив діяльність під назвою «Ягеллонія Білосток», а через рік змінив назву на «Мотор Білосток». У 1948 рішенням польської влади багато клубів розформовано і організовано галузеві клуби на зразок радянських команд. «Мотор» була приписаний до будівельної промисловості і перейменований на «КС Віці Білосток», а потім на «Звьонзковєц Білосток» і «КС Будовляні Білосток». У 1955 році повернено історичну назву «МКС Будовляні Ягеллонія Білосток».
У 1987 команда дебютувала у І лізічемпіонату Польщі, а у 1989 дійшла до фіналу Кубку Польщі, де поступилася «Легії». У наступному році понизилася у класі. У сезоні 1992/93 на рік повернулася до І ліги, а потім виступала у нижчих лігах. У 1999 році клуб об'єднався з клубом «КП Версаль-Подляскі Васількув» і змінив назву на «Ягеллонія Версаль-Подляскі Білосток», а у 2003 на «Ягеллонія Білосток ССА». У 2007 році команда знову здобула путівку до Екстракласи.