- Dipartimento di Pediatria
- S.C. Neuropsichiatria infantile
- S.C. Oncoematologia
- S.C. Pediatria d’urgenza e Pronto soccorso pediatrico
- S.S.D. Gastroenterologia e nutrizione
- S.S.D. Cura delle Malattie rare
- S.C.U. Clinica Pediatrica
- Ambulatorio del dolore
- Centro regionale per la diagnosi e la cura della Fibrosi Cistica
- S.S. Allergologia dermatologica e trattamento dell’asma
- S.S. Cardiologia
- S.S. Clinica, cura e ricerca sulle immunodeficienze
- S.S. Cure palliative
- S.S. Endocrinologia, Diabetologia e Malattie del metabolismo
- S.S. Reumatologia pediatrica e immunologia clinica
- Servizio di Nefrologia
- Direzione scientifica
- Biblioteca scientifica
- Laboratori di Batteriologia e Infettivologia perinatale
- S,C.R. Epidemiologia clinica e ricerca sui servizi sanitari
- Ufficio Coorti
- Ufficio Gestione Attività scientifica
- Ufficio Gruppo per il Trasferimento tecnologico
- Ufficio Promozione e Coordinamento della Ricerca
- Direzione Generale
- Direzione sanitaria
- Ambulatorio D.A.M.A ("DAMA", Disabled Advanced Medical Assistance)
- Ufficio Coordinamento Rete Pediatrica Regionale
- S.C Direzione medica
- Blocco operatorio
- S.S. Accreditamento, qualità e gestione del rischio clinico
- CUP e Sviluppo Sanità transfrontaliera
- Ufficio Gestione Prestazioni sanitarie e Percorsi clinici
- Servizio Controllo Igiene Ospedaliera e Continuità con Servizi in Appalto
- Ufficio Organizzazione e Gestione della Continuità assistenziale
- Psicologia clinica
- Ufficio Gestione del percorso chirurgico
- S.C. Direzione delle Professioni sanitarie
- S.C. Farmacia
- Direzione Amministrativa