澳門國際機場污水處理站於2005年初開始商業營運，主要是對澳門國際機場的餐飲業及工程大樓所產生的高濃度污水作預處理。處理站的原設計處理能力為每日685立方米，屬小型污水處理設施，採用氣浮式除污系統（DAF）及淹沒式生物濾池（BAFF）等處理工藝，經處理後的尾水流入公共下水道管網並送往氹仔污水處理廠作進一步處理。

澳門國際機場污水處理站以密封式設計，並設有臭氣處理系統，確保對污水處理站的周邊不會造成影響。污水處理過程中所產生的污泥會先存放在污泥儲存缸，再利用污泥泵車運往氹仔污水處理廠作脫水處理。