Nouveaux variants de la covid-19 : « Plus on laisse circuler l’épidémie, plus on s’expose à l’inconnu »

Pour quelles raisons le variant britannique est-il plus contagieux que les deux autres ? Est-ce dû à des mutations spécifiques ?

Il semble effectivement que les explications soient biologiques. Mais les relier à des mutations particulières est délicat : un certain nombre d’entre elles ressortent parce qu’il a été montré qu’elles peuvent avoir un gros effet. On a, par exemple, la mutation N501Y qui fait partie de celles codant la protéine de spicule (qui permet au virus d’entrer dans la cellule pour se reproduire, NDLR). Chez les variants V2 et V3, on trouve la E484, qui semble associée à un échappement immunitaire. Mais il y a aussi toute une autre série de mutations qui, prises isolément, ne vont pas avoir d’effet, mais qui, ensemble, peuvent en avoir.

Le fait que le variant britannique semble être arrivé un peu plus tôt que les deux autres sur notre territoire a-t-il joué en sa faveur ?

Je ne pense pas que ce soit le cas. L’immunité naturelle ou vaccinale était extrêmement faible lorsqu’ils sont arrivés. Du coup, comme le dit mon collègue épidémiologiste Mircea Sofonea, c’est un peu comme une course où chacun est dans son couloir mais pas directement dans une même zone. La question de l’ordre d’arrivée jouerait plus au Brésil où une grande partie de la population a été infectée parce que les dirigeants ont fait n’importe quoi. Quand une grande partie de la population a été contaminée, un variant qui arrive en deuxième, rencontre des immunisés, et du coup, il a du mal à se transmettre. En France, on ne pense pas que ce soit le cas. Et de toute façon, les variants V2 et V3 détectés en Afrique du Sud et au Brésil semblent capables de réinfecter des gens précédemment contaminés. Donc, le fait d’arriver après d’autres variants paraît être moins un souci pour eux.

Le variant sud-africain a failli devenir majoritaire en Moselle, début mars, mais sa part n’est plus, aujourd’hui, que de 30 %. Quelle analyse en tirez-vous ?

Cela confirme cette idée que, par rapport à la vitesse de propagation du V1, le V2 se diffuse moins vite. On voit aussi que les mesures telles que le couvre-feu à 18 h semblaient à peu près suffisantes pour contrôler les variants V2 et V3 mais pas le V1.

Les variants sud-africains et brésiliens résistent-ils mieux au vaccin ? Cela peut-il les aider à reprendre le dessus sur le variant britannique ?

L’échappement immunitaire semble limité si on prend les vaccins à ARN. Pour le moment, il y a une bonne efficacité, quel que soit le type de virus et d’infection. À court terme, il n’y a pas beaucoup de doutes sur le fait que la vaccination permette de contrôler l’épidémie. À moyen et long termes, des questions se posent sur la durée de la protection contre les formes sévères, qui paraît toutefois assez longue, et celle du blocage des transmissions.

Un nouveau variant pourrait-il résister à la vaccination et relancer l’épidémie ?

L’évolution virale est une grosse inconnue aussi. On a vu apparaître des variants qui ont un peu changé la donne. Avant, nos connaissances sur les capacités d’évolution du virus dataient de la première séquence obtenue à partir d’un virus de Wuhan, en Chine, en décembre 2019. On connaissait à peu près la direction dans laquelle il pouvait évoluer : plutôt neutre, ce qui était positif. Le variant a remis tout à plat : le nouveau point de départ pour l’évolution, c’est le génome de ce variant, en particulier celui détecté en Angleterre, et là, on ne sait pas trop dans quelle direction ça peut aller. C’est assez inquiétant, parce que, pour le moment, la vaccination marche bien sur la plupart des virus, même s’il existe des différences entre vaccins. On n’est toutefois pas à l’abri de variants pour lesquels ce serait moins le cas. Plus on laisse circuler l’épidémie, plus on s’expose à ces inconnues.

Le virus a-t-il atteint ses limites évolutives ou, au contraire, a-t-il encore de la marge pour changer encore et encore ?

La réponse est qu’on ne sait pas. Beaucoup de gens vont se baser sur ce que l’on a appris des autres coronavirus, pour dire qu’effectivement, il y a des contraintes génomiques très fortes à son évolution. D’un point de vue personnel, ma conclusion est que tous ceux qui ont fait des prévisions sur cette épidémie en se basant sur des virus connus, voire sur d’autres coronavirus, se sont trompés dans les grandes largeurs : ils ont négligé la transmission asymptomatique, dit que ça allait devenir un virus saisonnier, et qu’il n’y aurait pas d’épidémie, l’été. Il faut être humble face à la nouveauté. L’évolution des variants qu’on a observée depuis fin 2020 doit nous inciter à la prudence.

Peu d’informations sont connues sur le « variant breton », mais que pensez-vous de ce nouveau virus qui semble difficilement détectable ?

C’est l’occasion de rappeler qu’il faut éviter de parler de « variant breton » mais plutôt de « variant détecté en Bretagne », pour des aspects de discrimination. Les habitants n’y sont pour rien si le variant a été détecté chez eux… Il n’y a pas encore de publication scientifique sur le sujet. L’Institut Pasteur et d’autres labos travaillent dessus. On parle de variant quand un virus cause une infection avec des symptômes différents, et là, pour cette lignée détectée à Lannion, il serait fort possible que cela soit le cas. Il se pourrait aussi que le virus ait un tropisme vraiment prononcé pour les voies respiratoires basses potentiellement lié à certaines mutations de son génome. De la même manière qu’on a montré que le variant détecté en Angleterre cause des infections plus contagieuses et plus virulentes, il serait possible que cette lignée identifiée à Lannion soit aussi à l’origine d’une virulence plus élevée car elle vient généralement d’un tropisme pour les voies respiratoires inférieures. On peut faire le lien entre les deux. Cette lignée détectée à Lannion serait, néanmoins, potentiellement moins transmissible parce que la contagiosité est, a priori, plus élevée quand le virus infecte les voies respiratoires supérieures. Ce sont des hypothèses envisageables qui restent à confirmer.