Les mutations naturelles du Sars-Cov-2 ont donné naissance à une kyrielle de variants. Mais seuls quelques-uns, potentiellement plus contagieux, plus dangereux, plus résistants aux vaccins, nécessitent une surveillance renforcée.
En France, la cartographie de la diffusion des variants est principalement assurée par les enquêtes Flash, qui s’appuient sur une sélection aléatoire de prélèvements PCR positifs, fournis par les laboratoires volontaires. La plupart sont ensuite séquencés par quatre grandes plateformes (Pasteur à Paris, Hospices civils de Lyon, hôpital Henri-Mondor à Créteil et IHU Méditerranée Infection). La France n’est toutefois pas championne en la matière : selon la base de données mondiale Gisaid, le pays n’a séquencé et partagé les génomes que de 0,371 % des cas de covid-19 répertoriés depuis le début de l’épidémie. Contre 8 % au Royaume-Uni et 20 % au Danemark. Cela se ressent sur la maigreur des échantillons séquencés lors des premières enquêtes Flash. Leur nombre est néanmoins en progression, passant de 699 à 2 860 entre la troisième et la cinquième vague.
Séquençage renforcé pour traquer le variant breton
Pour la Bretagne, cette croissance des échantillons de tests passés au crible génétique est encore plus flagrante : en cause, l’émergence du variant breton qui a entraîné un effort particulier lors de l’enquête Flash n°5, à la mi-mars, pour savoir s’il s’était diffusé hors de son fief lannionnais : près de 600 prélèvements issus de toute la région ont été séquencés, contre 52 lors de l’enquête n°4, début mars, et 106 lors de l’enquête n°6, fin mars. Sans qu’on puisse, d’ailleurs, y trouver de variant breton…
Cette loupe posée sur la région a toutefois permis de débusquer plus finement plusieurs variants à des niveaux de circulation très différents. Le variant britannique, plus contagieux, présent dans quatre prélèvements sur cinq. Bien loin derrière, celui découvert en Afrique du Sud, n’a été repéré que dans 3,4 % des tests positifs. Absent des résultats de l’enquête n°5, son redouté cousin brésilien a été retrouvé chez une seule personne dans l’enquête n°6. On constate aussi la faible présence de quelques représentants des souches historiques apparues à Wuhan ou ayant conquis l’Europe en mars 2020.
Plusieurs variants « à suivre »
Des mutants plus récents ont émergé de manière sporadique au fil des dernières enquêtes. C’est le cas du variant découvert par les équipes de l’hôpital Henri-Mondor. Classé comme « à suivre » par les autorités sanitaires, il a généré un cluster dans un Ehpad à Pontivy, fin janvier. Il ne se serait pas diffusé plus largement : aucun cas n’a été détecté en Bretagne lors de l’enquête flash n°5 et un seul lors de l’enquête n°6.
Un cas breton d’un autre variant « à suivre », le 20A/484K, a été débusqué mi-mars. Surnommé le « variant nigérian », il porte la mutation E484K, présente chez des variants préoccupants comme le sud-africain qui le rendrait plus résistant aux anticorps.
Le variant B.1.214.2, récemment décrit en Belgique, a fait l’objet de neuf détections en Bretagne sur un total de 46 en France, rapporte Santé publique France. Cette souche est toujours classée « en cours d’évaluation ». Elle présente des mutations au niveau du gène de la protéine Spike (la « clé » qui permet au virus d’entrer dans la cellule pour s’y reproduire), et plusieurs mutations et délétions dans les gènes codant pour d’autres protéines, retrouvées chez les variants préoccupants.
Enfin, un autre variant « en cours d’évaluation », le 20A/214 Ins, semble gagner un peu de terrain dans la région, sa présence passant de 0,4 % à 3 % des tests entre les enquêtes Flash n°5 et n°6.
