Дагестан отошёл к России по Гюлистанскому мирному договору 1813 года. В 1846 году после раздела Каспийской области была образована Дербентская область (иногда именуется губернией), которую в 1860 году переименовали в Дагестанскую область (центры - г. Дербент (до 1866), г. Темир-Хан-Шура). Область делилась на 4 военных отдела, в которых до 1860-х годов сохранялись ханства.

В XVI-XVII веках на территории Дагестана существовало Аварское ханство. Флаг аварских ханов реконструируется как полотнище с изображением волка, несущего штандарт. На штандарте изображен солярный знак. Эта реконструкция выполнена М. З. Мусаевым (и опубликована, например в работе Магомеда Исалабдулаева "Мифология народов Кавказа" (Махачкала, 2006).

Реконструкция, видимо, выполнена на основе рисунка герба Дагестана на географической карте Грузии, нарисованной царевичем Вахушти Багратиони. В углу карты нарисованы "гербы или знаки" исторических частей тогдашней Грузии Один из гербов на карте принадлежит "лекам Дагестана": "на светло-зелёном полотнище изображен выбегающий из-за горных кряжей волк (часть его тулова сокрыта меж гор), между передними лапами которого помещено древко флага с навершием. Над гербом сделана надпись на грузинском языке: "лекIиса дагьистаниса". На окончательный дизайн реконструкции видимо повлиял и культ волка у горцев (волк издавна считается символом храбрости, удали, называется "божьим сторожем")

Ныне изображение волка встречается на флагах разных цветов: красном, чёрном. В музее в Махачкале выставлен такой тёмно-зеленый флаг. В Хунзахском историко-краеведческом музее "знамя аварских ханов" представляет собой синее полотнище с таким же волком. В том же музее хранится картина "Выезд Умма-Шаха из Хунзаха" (Умма-Шах правил в 1774—1801 годах), в руках у всадника - белое знамя с таким же волком.

Источники: серия фотографий из Хунзахского историко-краеведческого музея. Черно-белое фото флага (предположительно из музея в Махачкале) предоставлено "Кавказским форумом" (Турция) Карта Вахушти - https://commons.wikimedia.org/...

20 января 1921 года постановлением ВЦИК создана Дагестанская АССР в составе РСФСР. Автономия заняла территорию бывшей Дагестанской области Российской Империи. Первый Вседагестанский учредительный съезда Советов 7 декабря 1921 года принял Конституцию Дагестана.

12 июня 1937 года XI Вседагестанским съездом Советов принята "сталинская" Конституция Дагестана (утверждена на III сессии Верховного Совета РСФСР в 1940 году). Первоначально на красном флаге Дагестана помещались надписи на всех 10 языках (латинским алфавитом); аббревиатура “РСФСР” выглядела одинаково на всех национальных языках, поэтому она изображалась только дважды: русскими и латинскими буквами.

В феврале 1938 года письменность дагестанских языков была переведена на русскую графику. Флаг ДАССР с 1938 года представлял собой красное полотнище, длина которого вдвое больше ширины, с золотыми буквами “Р.С.Ф.С.Р.” и “Д.А.С.С.Р.” в верхней части у древка.

По книге В.Поцелуева

В 1954 году в связи в изменением флага РСФСР был изменён и флаг Дагестана. В древковой части красного полотнища была добавлена светло-синяя полоса шириной 1/8 длины полотнища В верхней части красного полотнища стали изображаться золотые серп и молот, а под ними надпись “ДАССР” на 9 языках народов республики, так как все дагестанские языки к тому времени перешли на русскую графику, то есть надпись на всех них выглядела одинаково, то и на флаге была написана только одна аббревиатура. Отношение длины флага к ширине сохранилось равным 2:1.

VIII сессия Верховного Совета ДАССР IX созыва приняла 30 мая 1978 года новую Конституцию. В целом и флаг и герб остались без изменений, но были изменены языки написания надписей, их стало 11:

русский, аварский, азербайджанский, даргинский, кумыкский, лакский, лезгинский, ногайский, табасаранский, татский и чеченский. Однако, внешний вид флага не изменился.

13 мая 1991 года Дагестанская АССР переименована в Дагестанскую ССР-Республику Дагестан, а 30 июля 1992 года в Республику Дагестан.

26 февраля 1994 года Постановлением Верховного Совета "О Государственном флаге Республики Дагестан" утверждён государственный флаг Республики Дагестан и Положение о нём. Им стало полотнище, состоящее из горизонтальных зелёной, голубой и красной полос; отношение длины к ширине 2:1. Проект флага разработал дагестанский художник Абдулвагаб Ш. Муратчаев.

Легко заметить, что флаг республики почти повторяет российский, но белая полоса, которая иногда трактуется, как символ православия, заменена на зелёную - символ ислама.

В 2002 году флаг Дагестана был внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 991.

30 октября 2003 года пятая сессия Народного Собрания Республики Дагестан третьего созыва приняла закон "О Государственном флаге Республики Дагестан" (с докладом о законе выступал министр юстиции Республики Дагестан Рагимов А.Т.). Он получил название Закон РД "О Государственном флаге Республики Дагестан" от 19 ноября 2003 года № 27. Закон о флаге 1994 года при этом признан утратившим силу. Флаг в общем оставлен без изменений; только пропорции полотнища изменены на 2:3.

Государственный флаг Республики Дагестан представляет собой прямоугольное полотнище из трех равновеликих горизонтальных полос: верхней - зеленого, средней - синего и нижней - красного цвета. Отношение ширины флага к его длине 2:3.

Изменения в закон о гос. флаге № 27 затем вносились Законами Республики Дагестан от 04.04.2006 № 23; от 30.12.2013 № 106; от 06.05.2015 № 52.

На практике иногда используется флаг Дагестна с изображением в центре полотнища герба республики. В частности, такой флаг установлен в кабинете президента Дагестана. Возможно, это штандарт президента (?)

По материалам "Кавказского Дома" (Турция)

На различных интернет-сайтах иногда (например на сайте http://lezgimp3.ucoz.ru/photo/5-0-8) флаг Дагестана изображается с широкой зелёной полосой и гербом на ней.

Современная муниципальная организация Республики Дагестан:
-муниципальные районы:
Агульский, Акушинский, Ахвахский, Ахтынский, Бабаюртовский, Ботлихский, Буйнакский, Гергебильский, Гумбетовский, Гунибский, Дахадаевский, Дербентский, Докузпаринский, Казбековский, Кайтагский, Каякентский, Кизилюртовский, Кизлярский, Кулинский, Курахский, Лакский, Левашинский, Карабудахкентский, Кумторкалинский, Магарамкентский, Новолакский, Ногайский, Рутульский, Сергокалинский, Шамильский, Сулейман-Стальский, Табасаранский, Тарумовский, Тляратинский, Унцукульский, Хасавюртовский, Хивский, Хунзахский, Цумадинский, Цунтинский, Чародинский.
- городские округа:
"город Махачкала", "город Буйнакск", "город Дагестанские Огни", "город Дербент", "город Избербаш", "город Каспийск", "город Кизилюрт", "город Кизляр", "город Хасавюрт", "город Южно-Сухокумск".

В состав муниципальных районов входят городские поселения: поселок Кубачи, поселок Белиджи, поселок Мамедкала, поселок Дубки, поселок Манас, поселок Тюбе, поселок Шамилькала. Cвои символы имеются у некоторых сельских поселений: с.Арадерих и др.