Евгений Петрович Бабенко родился 8 августа 1959 г. в г. Минске в семье военнослужащего. Русский. Семья переехала в Москву в 1970-х гг.
Отец - Петр Павлович Бабенко, полковник.
Мать - Людмила Николаевна Бабенко, инженер.
1976 г. - окончил Долгопрудненскую спецшколу при МФТИ.
1976-1978 гг. - студент медицинского училища № 5, Москва.
1978 г. - медбрат станции неотложной скорой помощи Главного управления здравоохранения Мосгорисполкома.
1978-1980 гг. - служба в Советской Армии, воздушно-десантные войска, участник военных действий в Афганистане в 1979-1980 гг.
1980-1981 гг. - слушатель подготовительного отделения 2-го Московского Государственного медицинского института (МОЛГМИ) им. Пирогова.
1981-1991 гг. - студент 2-го Московского Государственного медицинского института (МОЛГМИ) им. Пирогова (с 1991 г. переименованного в Российский государственный медицинский университет им. Н. И. Пирогова). Учился на дневном отделении, но при этом работал, в том числе 2 года в г. Кургане в клинике академика Г. А. Илизарова.
1982-1985 гг. - медбрат реанимационного отделения Городской клинической больницы № 1 им. Пирогова.
1985-1986 гг. - медбрат травматологического отделения Городской клинической больницы № 1 им. Пирогова.
1989-1990 гг. - медбрат реанимационного отделения Городской клинической больницы № 64.
1991-1996 гг. - старший лаборант кафедры анестезиологии и реаниматологии 2-го Московского Государственного медицинского института (МОЛГМИ) им. Пирогова, переименованного в 1991 г. в Российский Государственный медицинский университет.
1996-1998 гг. - врач-консультант ООО "Нокформ".
1998-1999 гг. - врач-консультант ООО "Фирма "Ардель".
2000-2001 гг. - врач-консультант ООО "Декорт С".
2002-2005 гг. - врач, заместитель руководителя (главного врача) по медицине ФГУП Санатория "Энергия" Министерства образования РФ.
С 2005 года занимается работой с населением.
2005-2007 гг. - ведущий специалист Фонда молодежных программ Московского энергетического института.
С 2007 г. ведет прием, как секретарь общественной приемной при префекте ЦАО района Замоскворечье (Замоскворечье, Бахрушина, 13).
Женат. Дети: Максим (1984), Андрей (1987).
2 марта 2008 г. - избран депутатом муниципального Собрания "Замоскворечье" по 5-мандатному избирательному округу № 1 (занял 5 место из 9).
Государственные награды:
медаль "Защитнику свободной России"
Прочие награды:
медаль "Участнику локальных конфликтов" (от Комиссии по награждению общественными наградами и памятными знаками) (2008).
Почетный донор Российской Федерации.
Член КПСС с 1979 по август 1991 гг.
Член партии "Единая Россия" с 2007 г.
Увлечения: медицина (ставшая после 2005 года хобби), народная медицина (прежде всего, гирудотерапия), кинология, нумизматика, кулинария, бирофилия (коллекционирование пивных кружек).