Монастырь расположен недалеко от г.Лодейное Поле, между озерами Рощинским и Святым. 500 лет назад обитель была основана преподобным Александром Свирским, выходцем с Валаама.

В начале XVI в. на севере Руси в лесной Свирской пустыни произошло явление Святой Троицы преподобному Александру Свирскому. По благословению Святой Троицы в 1508 г. Преподобный построил деревянный Троицкий собор, а в 1526 г. - каменную церковь. Затем он основал и сам Свято-Троицкий монастырь.

Монастырская обитель, основанная преподобным Александром Свирским, стала со временем большим монастырем, где проходили свой иноческий подвиг многие русские монахи, будущие молитвенники земли Русской. В XIX в. здесь проходил свой иноческий путь будущий знаменитый святитель Игнатий Брянчанинов. В 1817 г. в монастыре подвизались отец Леонид (в миру Лев Наголкин), впоследствии первый Оптинский старец, а также отец Феодор - ученик молдавского старца Паисия.

К духовной помощи преподобного Александра Свирского обращались почти все русские цари. Преподобного не даром называли царским заступником. Перед взятием Казани молился Александру Свирскому Иоанн Грозный. После победы царь объявил его на всю Россию Великим Чудотворцем.

Большие пожертвования монастырю были сделаны царем Федором Иоанновичем и царем Борисом Годуновым, приезжавшим в монастырь на богомолье. На средства Федора Иоанновича был возведен придел во имя Александра Свирского, где и была устроена каменная гробница Преподобному.

Особенно почитал святого Михаил Федорович Романов. Одна из первых часовен, которую построил Петр I в Петербурге, была освящена в честь Александра Свирского. Часто приезжал Петр I и в монастырь, чтобы помолиться и поклониться святым мощам Преподобного, которые были обретены в 17 апреля 1641 г. при постройке собора.

Нетленные мощи преподобного Александра Свирского мироточили и благоухали. Мощи перенесли в храм святителя Николая, который был построен самим преподобным и уцелел от разрушения поляками в 1612 г. В 1644 г. мощи в драгоценной раке были поставлены в Преображенском соборе. У мощей Преподобного постоянно совершались молебны и акафисты. Многие люди получали исцеление.

В 1917 г. из монастыря были изъяты ценности, после чего все иноки вместе с настоятелем были расстреляны. Мощи преподобного Александра Свирского властями из монастыря были изъяты также.

Так как мощи Преподобного оказались нетленными, в 1918 г. их решили тайно отправить в Военно-медицинскую академию Санкт-Петербурга. Монастырь был закрыт, а на его территории разместилась психиатрическая больница.

В начале 90-х гг. власти передали Русской Православной Церкви Свято-Троицкий собор, а 19 августа 1997 г. произошла официальная передача Александро-Свирской обители монашеской братии.

Второй раз мощи преподобного Александра Свирского были обретены в 1998 г. 28 июля того же года они были переданы Русской Православной Церкви. В настоящее время нетленные мощи покоятся в церкви святых Захария и Елисаветы,