Время основания монастыря общепринято относить, и большинство летописных преданий тому подтверждение, к 1623 году. Но первые, сохранившиеся до наших времен, монастырские документы датированы 1664 годом, что позволило выдвинуть версию о более позднем основании обители. Основательницей же монастыря Димитрий Евтихиев, протоиерей Богоявленского собора, в своем описании Иверской обители, называет Параскеву Племянникову из Новгорода. Однако в Памятной книге девичьего монастыря сообщается, что строительницей его первой настоятельницей была игуменья Параскева Салтыкова, “происходившая от знатного рода”. По другим источникам, Парасковья Салтыкова, племянница воеводы, впоследствии супруга царя Иоанна Алексеевича, содержалась в монастыре как ссыльная.

Таким образом, почти 40-летний период (с 1623) остается “белым пятном” в истории женской обители. В своих истоках монастырь носил имя Христорождественского, от церкви, построенной в честь Рождества Христова. После пожара 1869г., по ходатайству игуменьи Афанасии, Святейший Синод благословил именовать монастырь Иверским, по храму во имя Иверской Божией матери, построенному взамен Христорождественского.

По сказанию летописи, монастырь был построен спустя пять лет после образования в 1618г. енисейского острога, в царствование государя и великого князя Михаила Феодоровича, по благословению первого сибирского архиепископа Киприана. Обычно монастыри возникают в отдаленных, глухих местах и паломникам нужно немало сил, чтобы посетить его. В Енисейске же оба монастыря строятся сразу за острогом. Эта особенность объясняется мыслью архиепископа Киприана о том, что обители в Сибири, мужские и женские, должны быть вблизи городов для содействия к обращению инородцев и поддержания благочестия в народе.

В первое время своего возникновения монастырь представлял собой лишь несколько келий, тем труднее было представить в далеком XVIIв., какого благоустройства достигнет он в течение двух столетий! И сколько еще падений и высот придется ему увидеть!

К примеру, в 1723г. монастыри отстраняются от управления своим хозяйством и доходами. Выходит указ не постригать больше в монахи, а все монастырские вакансии замещать солдатами. Монастырь бедствует, воеводы, вольно распоряжаясь монастырским имуществом для своих нужд, окончательно подрывают хозяйство обители. Игуменья Агриппина пишет царю Феодору Алексеевичу челобитную: “монастырскiя деревни, крестьяне, мельницы.. и огороды отобраны, а жалованныя монастырю…денегъ и хлеба на свечи, ладонъ… не учинено”.

Летом 1619 года присланные из Тобольска казаки во главе с Максимом Трубчаниновым «...пошли за волок в тынгусы и Тынгуской острог... ставили». Этот построенный казаками Трубчанинова первый русский городок на Енисее вначале называли Тунгусским, потом Кузнецким и только позднее за ним закрепилось имя Енисейского острога.

Городок был поставлен на левобережье Енисея, на холме неподалеку от устья речки Кеми. Уже в 1620-е годы город, в который устремились на жительство «промысловые и гулящие люди», начал расширяться, постепенно «сползая» с холма. Поразительно быстро Енисейск превратился в торговый и административный центр огромного края, откуда «встречь солнцу» уходили все новые и новые партии землепроходцев. Енисейские казаки основали Красноярск, Якутск, Иркутск, Нерчинск. Енисейским казаком был Семен Дежнев.

Город стал не только политическим, но и духовным центром края. В середине XVII века, в 1642 году, здесь, на высоком зеленом холме в полукилометре от города, был основан Спасо-Преображенский монастырь.

Со дня основания монастыря до возведения этих построек прошло всего лишь восемь лет, и за это время было уже так много сделано. Загорелись сердца верующих пламенной любовью к Богу, и в сибирских краях развернулась стройка.

В 1879 году - начало кладки главного каменного корпуса. Строилась, процветала и молилась святая обитель. А через 39 лет черная туча опустилась над Россией. В 1918 году Совет народных комиссаров принимает декрет "об отделении Церкви от государства и школы от Церкви “. В пункте 13 декрета говорится: ,,все имущество существующих в России церковных и религиозных обществ объявляется народным достоянием. Здания и предметы, предназначенные специально дпя богослужебных целей, отдаются по особым постановлениям местной или центральной государственной власти в бес платное пользование соответствующих религиозных обществ”.

24 августа 1918 года Народный комиссариат юстиции принимает постановление ?685  ,,О порядке проведения в жизнь декрета ,,Об отделении церкви от государства и школы от церкви”. Те здания и предметы, которые раньше находились в ведении ведомства православного исповедания и других вероисповедных учреждений и обществ, согласно декрету, переходят в непосредственное заведывание местных советов рабочих и крестьянских депутатов... Не предназначенные специально для богослужебных целей имущества церковных и религиозных обществ, а также бывших вероисповедных ведомств, как то: дома, земли, угодья, фабрики, свечные и другие заводы, рыбные промыслы, подворья, гостиницы, капиталы и все вообще доходные имущества, в чем бы они ни заключались, не взятые до настоящего времени в ведение Советских установлений, незамедлительно отбираются от означенных обществ и бывших ведомств. Распорядителем монастырских хозяйств является Советская власть.” (Основание: 1. Сборник декретов 1917-1918гг.”)

Благовещенская церковь (церковь Благовещения Пресвятые Богородицы) - первая церковь в Красноярске, построенная по чертежам, третий каменный храм в городе.

В январе 1795 года жители Красноярска направили в духовное правление прошение о строительстве нового храма. Деревянную Покровскую церковь перенесли примерно на место нынешнего каменного храма.

Был получен Указ архиепископа Варлаама из Тобольска о строительстве церкви, и в 1802 году началась заготовка бутового камня, кирпича, леса, железа, извести, копание рва под фундамент; а 3 ноября 1804 года была совершена закладка церкви.

В расходной книге 1801 - 1808 годов упоминаются енисейские мастера Григорий Бусыгин и Поспелов, получившие 30 рублей за "Здеание планов". Контролировал постройку и вел расчеты с подрядчиками красноярский купец Егор Пороховщиков.

Строили церковь енисейские каменщики, возглавляемые иркутским мастером Иваном Прохоровым.

В 1808 году был завершен нижний теплый Благовещенский храм, и строительство приостановилось. В 1811 году «строителем» церкви вместо Пороховщикова был выбран купец П. Ф. Ларионов. В начале 1812 года взамен не понравившегося горожанам И. Прохорова был приглашен мастер из Енисейска И. И. Огрысков.

Основные строительные работы были завершены в 1812 году. Строительство продолжалось до начала 1820-х годов. Двухэтажный храм имел четыре придела на двух этажах и каменную часовню в честь Иверския Иконы Божией Матери (1866 год). Храм имел библиотеку и церковно-приходское попечительство. Один придел посвящался Александру Невскому. Александр I в 1820 году подарил церкви образ Св. Князя Александра Невского, написанный академиком Егоровым.

В 1829 - 1831 годах красноярские мастера Е. Ушаков и Ф. Быкасов пристроили к западному фасаду церкви четырехколонный портик и возвели вокруг здания кирпичную ограду. Позднее с южной стороны был возведен придельный храм Зосимы и Савватия, а к северному фасаду пристроили помещения ризницы и сторожевской с часовней Иверской богоматери.

Одна из центральных улиц города, идущая от храма стала называться Благовещенской. В советские времена были разрушены купольные завершения, а в церкви размещался пушно-меховой склад.

В 1657 году на безлюдном берегу Енисея в месте впадения в него реки Нижней Тунгуски в 30 верстах от последнего населенного пункта на пути продвижения первопроходцев, осваивающих Восточную Сибирь, высадился монах Тихон. Он построил часовню и келью и приготовился к долгому пустынножительству. Но его планам не удалось сбыться: к нему стали стекаться люди, как и он ищущие спасения и склонные к монашеству. К 1660 году вокруг монаха Тихона уже собралось много братии, а на месте часовни строился  храм  Живоначальной Троицы.

Братия просила своего наставника принять сан священника и встать во главе монастыря. Уступив их просьбам, монах Тихон отправился в Тобольск, где была архиерейская кафедра. Через несколько месяцев он вернулся к братии в сане священника и с указом об образовании монастыря.

 
Братия возрастала, укреплялось и материальное положение монастыря. Но подлинный его расцвет и усиление духовного влияния началось с 1670 года, когда иеромонах Тихон перенес в монастырь мощи первого сибирского святого Василия Мангазейского из умирающего города Мангазея.  К мощам первого сибирского святого, горячо почитаемого местным населением, включая язычников, стекалось много паломников. Царскими указами 1662, 1664, 1689  годов за монастырем были закреплены места лова рыбы  и земли, на которых расцветало и множилось разнообразное монастырское хозяйство. Особенно укрепилось оно после получения в конце XVII века по духовному завещанию богатых соляных ключей и крупнейшего в Сибири солеваренного завода.  


Вокруг монастыря на ранее безлюдном месте стали селиться люди, затерявшиеся на просторах приенисейского Севера. Вскоре поселение получило название – село Монастырское, затем город Туруханск – центр Туруханского края. Монастырь, таким образом, с самого начала своего образования собирал вокруг себя людей, давал работу, учил хозяйствовать, но прежде всего, был духовным центром: помогал людям, оказавшимся в языческом мире, сохранить веру, христианскую культуру и бытовые традиции.   Эту часть Сибири населяли тунгусы, остяки, кеты, якуты и другие кочевые народы Севера. Они  говорили на разных языках, которые мало общались между собой в силу различий языка, культуры, быта, способов хозяйствования и маршрутов передвижения. В таких условиях монастырь стал единственным фактором присутствия России в этих местах, оторванных на десятки и сотни верст от станков первопроходцев. В этих условиях он взял на себя неофициальную миссию поддерживать оказавшихся здесь  русских людей и налаживать связь с местным населением. Свято-Троицкий монастырь задолго до организации здесь миссионерской деятельности государства начал активное православное просвещение местного населения, организовал обучение русскому языку детей кочевников, создав школу для детей инородцев с интернатом для проживания. Школа эта просуществовала до прихода к власти большевиков.

В синодальный период и, особенно в годы земельных реформ, осуществляемых Екатериной II, положение монастыря резко ухудшилось. Лишение мест лова рыбы и охоты, земель и, особенно, соляных промыслов, привело богатый монастырь на грань нищеты. После определения монастырских штатов Свято-Троицкий Туруханский монастырь стал третьеклассным.  Число братии стало резко уменьшаться, в условиях сурового климата и крайней бедности рассчитывать на ее пополнение не приходилось. В пореформенный период штаты монастыря так и не были заполнены. Не прекращалась только богослужебная, учебная деятельность монастыря и поддержание памяти святого мученика Василия Мангазейского. Велось летописание и сбор материалов для его жития, собирались документы  для прославления основателя обители блаженного Тихона, пока все не сгорело в пожаре 14 ноября 1726 года.

Помимо основателя монастыря блаженного Тихона, обитель гордится именами подвижников веры, бывших в разное время его настоятелями: иеромонаха Мисаила (1788-1799), игумена Илиодора (1850-1863),  иеромонаха Макария (1895-1897), иеромонаха Серафима (1904-1917). Монастырь был ликвидирован в 1921 году. Монастырский храм Святой Троицы с предельным храмом  Благовещения  был закрыт только в 1930 году. До этого времени в нем совершал службы один из последних священников Туруханского края, благочинный иерей Мартин Римша, трижды подвергавшийся в этот период уголовному преследованию, отбывавший ссылку в Казачинских поселениях и умерший в 1941 году.

 
В 1990 году в поселке Туруханск был создан православный приход, а 8 июля 1991 году состоялось первое богослужение. Затем решением Священного Синода Русской Православной Церкви началось возрождение монастыря, первый устав был зарегистрирован 18 июля 1996 года. С декабря 1996 года настоятелем монастыря является игумен Агафангел.